O índice de Shannon (H’) e a equabilidade de Pielou (J) são muito utilizados para a avaliar a diversidade e a dominância ecológica de comunidades de espécies arbóreas. Quanto maior o valor de H, maior é a diversidade. Já o J varia de 0 a 1, sendo que valor máximo indicaria uma situação onde todas as espécies teriam o mesmo número de indivíduos, o que significaria ausência de dominância ecológica. Existi no R (“diversity”, na biblioteca “vegan”) uma função para o cálculo de H, que pode ser empregada da seguinte forma:
Observação: Se você não sabe como instalar o programa R e a biblioteca vegan, sugiro ler as postagens anteriores, disponíveis aqui e aqui.
teste<-read.csv("http://dl.dropbox.com/u/6511995/morisitaR.csv", header=T, row.names=1, sep=";") #para importar uma matriz com dados hipotéticos teste # o resultado deve ser uma matriz 5x5, sendo que as linhas correspondem às espécies e as colunas indicam as parcelas library(vegan) #a biblioteca vegan deve estar previamente instalada diversity(teste) #aplicando a função "diversity" para o cálculo do H por parcela
Como pode ser observado, os valores são obtidos por parcela amostral. No entanto, muitas vezes é interessante a obtenção de H e do J para a área total, considerando todas as parcelas amostrais, que podem ser calculados por meio da seguinte função:
HeJ <- function(x) { sp<-apply(x, 2, sum) #a função apply utiliza o parâmetro x (matriz de dados), 2 (coluna) e sum (soma). Faz a soma dos valores de colunas (espécies) p_i<- sp/sum(sp) lnpi<-log(p_i) pixlnpi<-p_i*lnpi H<--1*sum(pixlnpi) J<- H/log(length(sp)) print(H) print(J) }
Testando a função em nossa matriz didática:
HeJ(teste) #aplicando a função para o cálculo do H e J
O primeiro valor deverá ser o Índice de Shannon (H’ = 1.557993) e o segundo, a Equabilidade de Pielou (J = 0.9680355).
Parabéns…
Ficou muito bem explicado e didático!
Parabéns
E quando quero comparar cada parcela (sítio amostral)? como faço para calcular o J?
Olá Pedro…primeiramente parabéns pelo blog…tem me ajudado bastante, além de ser de fácil entendimento
Referente ao scrip acima sobre o cálculo do índice de diversidade e equitabilidade, ao rodá-lo não obtive nenhum resultado, apenas os valores do índice de diversidade na qual divergem do resultado que vc deixou. Ficou faltando algum comando??
Desde já obrigada
Olá. Tentei executar a rotina porém a matriz de exemplo que você subiu no dropbox não existe mais. Você pode envia-la novamente? abs