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Posts Tagged ‘Fitossociologia’

A motivação inicial desse texto foi escrever um material de apoio para meus alunos de fitossociologia. No entanto, creio que também poderá ser útil para outras pessoas que tenham interesse em ecologia e em aprender um pouco do R. O Índice de Dispersão de Morisita é um dos métodos mais utilizados para a avaliação do padrão de distribuição espacial de indivíduos de espécies arbóreas, quando são empregadas parcelas como forma de amostragem. Segue uma breve descrição do procedimento para o cálculo deste índice utilizando o R:

1. Instalar o programa R:

Visite o site R-project e faça o download do programa.

2.Importar a matriz de abundância:

Disponibilizei no dropbox uma matriz hipotética onde temos as espécies, nas colunas, e parcelas, nas linhas. Os valores da matriz representam a abundância de cada espécies nas respectivas parcelas. Para importar os dados, digite o seguinte comando no R:

teste<-read.csv("http://dl.dropbox.com/u/6511995/morisitaR.csv", header=T, row.names=1, sep=";")
teste # o resultado deve ser uma matriz 5x5, sendo que as linhas correspondem às espécies e as colunas indicam as parcelas.

3 Instalar a biblioteca vegan, no de caso de ainda não estiver instalada:

install.packages("vegan")

Escolha um “espelho” geograficamente mais próximo para fazer o download.

4. Carregar a biblioteca vegan:

library(vegan)

5. Cálculo do Índice de Morisita:

dispindmorisita(teste, unique.rm = T, crit = 0.05)

O parâmetro lógico unique.rm= T indica a remoção, na análise, das espécies que ocorrem em uma única parcela. O parâmetro crit indica a significância do teste de chi-quadrado.

Como resultado obtemos:

imor mclu muni imst
sp1 1.7479675 1.174227 0.9142541 0.5749837
sp2 1.1857708 1.324695 0.8402008 0.2860697
sp3 1.8270756 1.117103 0.9423675 0.5914230
sp4 0.9413009 1.117103 0.9423675 -0.5005659
sp5 2.4963716 1.137371 0.9323927 0.6759165

Cada espécie tem um valor de imor, mclu, muni e imst. Imor é o valor do Índice de Morisita, que pode variar de 0 a n. Os valores de mclu e muni representam os limites superiores e inferiores do Índice de Morisita para uma distribuição aleatória. Se imor > mclu, temos um distribuição espacial agregada. Se imor < muni, o padrão de distribuição espacial é regular. Os valores de imst representam o Índice de Morisita Padronizado, variando de -1 a 1. Um valor de imst entre -0,5 a 0,5 indica uma distribuição aleatória. Valores inferiores a -0,5 indicam uma distribuição regular e valores acima de 0,5 indicam uma distribuição agregada.

Neste exemplo hipotético, temos:

sp1 – distribuição agregada
sp2 – distribuição aleatória
sp3 – distribuição agregada
sp4 – distribuição regular
sp5 – distribuição agregada

Em uma outra oportunidade, irei postar sobre a função K de Ripley, que pode ser utilizada para avaliar a distribuição espacial quando temos processos pontuais.

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