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Archive for março \31\UTC 2011

Em um post passado comentamos sobre como calcular o índice de Shannon por meio do R. O Índice de Shannon (H’) foi desenvolvido pelo matemático americano Claude Elwood Shannon, para quantificar a “entropia da informação”. Na área de ecologia, o índice de H’ é frequentemente nomeado como Shannon-Wiever e Shannon-Wiener. A confusão de terminologias no meio acadêmico é bem esclarecida por Spelleberger & Fedor (2003).

Warren Weaver foi outro matemático americano, co-autor junto com Shannon em um importante livro sobre “Teoria da Informação”: The mathematical theory of communication.

Nobert Wiener foi o pesquisador considerado o pai da cibernética, reverenciado e frequentemente citado por Shannon. De fato, Shannon se baseiou nos trabalhos de Wiener.

Certamente a similaridade dos sobrenomes ajudou nesta confusão.

Diante disso, Spelleberger & Fedor (2003) dizem que o índice de diversidade H’ deve ser denominado preferencialmente apenas como Índice de Shannon ou, se considerarmos a influência de Wiener, como Shannon-Wiener.

Referência:

Spellerberg, I. F. and Fedor, P. J. (2003), A tribute to Claude Shannon (1916–2001) and a plea for more rigorous use of species richness, species diversity and the ‘Shannon–Wiener’ Index. Global Ecology and Biogeography, 12: 177–179. doi: 10.1046/j.1466-822X.2003.00015.x

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Annals of the New York Academy of Sciences: The Year in Ecology and Conservation Biology 2010 v. 1195, p1–212
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/nyas.2010.1195.issue-1/issuetoc

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No R, os nomes das espécies (gênero e epíteto específico) podem ser facilmente abreviados utilizando a função make.cepnames. Por exemplo:

teste<-read.csv("http://dl.dropbox.com/u/6511995/testeR.csv", header=T, row.names=1, sep=";") #para importar uma matriz com dados hipotéticos
teste # o resultado deve ser uma matriz 5x5, sendo que as linhas correspondem às espécies e as colunas indicam as parcelas
library(vegan) #a biblioteca vegan deve estar previamente instalada
colnames(teste) <- make.cepnames(colnames(teste))
teste #observe os nomes das espécies abreviados

Assim, “Araucaria angustifolia” ficaria como “Arauangu”. A abreviação dos nomes é interessante para apresentação gráfica (e.g. ordenações multivariadas), pois torna as figuras menos “poluídas”, o que facilita a interpretação dos resultados.

Obs: Caso a leitura do comando acima esteja retornando alguma mensagem de erro, por favor entre em contato por meio dos comentários.

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