Divulgação do livro “Florestas Inundáveis: Ecologia, Florística e Adaptações das Espécies”

Download gratuito em: http://www.editora.ufla.br/

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Temperature and altitudinal gradients determine the distribution of tree species in Araucaria Forest fragments in Southern Brazil

” The Araucaria Forest is part of brazilian Atlantic Forest and represents one of the most important vegetacional formations in Southern Brazil.  The understanding of…” Ler mais

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Mudança de endereço

Mudei o Dendro Blog para labdendro.com/blog. Desta forma, as próximas atualizações já serão publicadas no novo endereço. É a segunda migração que faço. Primeiro foi do blogspot para o wordpress.com. Agora do wordpress.com para um domínio próprio, utilizando a plataforma wordpress.org. As principais motivações para esta mudança foram:

– Utilizar todo o potencial e flexibilidade da plataforma wordpress.org. Esse aspecto foi discutido pelo Átila, do Blog Rainha Vermelha;
– Criei uma home page pessoal, na mesma hospedagem, para agregar informações referentes às minhas atividades de pesquisa, ensino e extensão.

Então, pessoal, por favor atualizem para o endereço novo.

Obrigado!

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Maratona de defesas de final de curso

Final de semestre aqui no CAV-UDESC é sinônimo de maratona de defesas de relatório de estágio final. A primeira defesa da série que está por vir é esta:

Título: Levantamento florístico e estrutural de um remanescente florestal, no município de Alfredo Wagner, SC, como subsídio para recuperação de áreas degradadas.
Aluna: Andriele Grudtner
Orientadora: Ana Carolina da Silva
Local: Laboratório de Ecologia Floresal
Horário: 9:00h

Fragmento florestal estudado, em Alfredo Wagner, SC.

O trabalho foi realizado no município de Alfredo Wagner, SC, inserido na região do Alto Vale do Itajaí. É um local interessante do ponto de vista florístico, por ser uma área de transição entre a Floresta Ombrófila Densa e a Floresta Ombrófila Mista.

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Construindo dendrogramas usando o R

A construção de dendrogramas por meio da análise de agrupamento é uma forma interessante de se avaliar a similaridade florística e estrutural de comunidades de espécies arbóreas. O agrupamento de locais parecidos entre si tem como objetivo simplificar a complexa organização existente em ecossistemas de florestas tropicais e subtropicais. Essa simplificação é necessária para facilitar a interpretação ecológica destes ambientes. Neste tutorial do R utilizarei como exemplo uma matriz binária (presença e ausência), o índice de Jaccard para o cálculo de uma matriz de dissimilaridade e o método de ligação UPMGA (“Unweighted Pair Group Method with arithmetic”) para a construção do dendrograma.

1 passo: Importar a matriz de presença e ausência ou de abundância

Para exemplificar, disponibilizei no dropbox uma matriz hipotética de presença e ausência, que pode ser importada a partir do seguinte comando:

teste<-read.csv("http://dl.dropbox.com/u/6511995/testeR.csv", header=T, row.names=1, sep=";")

O resultado esperado é uma matriz binária de 5 linhas (locais) por 5 colunas (espécies).

2 passo: Instalar a biblioteca vegan:

install.packages("vegan")

Irá abrir uma caixa de diálogo, solicitando a escolha de um “espelho” para fazer o download. Escolha o mais próximo de você.

3 passo: Carregar a biblioteca vegan:

library(vegan)

4 passo: Calcular a matriz de dissimilaridade por meio do índice de Jaccard

clust_teste<-vegdist (teste, method = "jaccard")

Este índice varia de 0 a 1, sendo que 1 indica locais completamente diferentes entre si, ou seja, sem espécies compartilhadas. O argumento method indica qual índice de dissimilaridade a ser utilizado. O índice de Jaccard foi utilizado neste exemplo pelo fato de utilizarmos uma matriz binária. Para este caso também poderia ser empregado o índice de Sorensen. No caso de matrizes de abundância, poderia ser utilizado o índice de Bray-Curtis.

5 passo: Plotar o dendrograma construído por meio do método de ligação UPGMA

plot(hclust(clust_teste, method="average"), hang=-1)

O método de ligação utilizado é definido pelo argumento method. O resultado obtido deverá ser esse:

Observe que os locais 1 e 4 são os mais semelhantes entre si (0,25), enquanto o local 5 foi o que mais diferiu em relação aos demais.

Para mais informações, recomendo a leitura da seguinte referência: http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/sessio3.pdf

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Conteúdo liberado: Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences

O Proceedings of the Royal Society B está com seu conteúdo liberado para download até dia 30 de novembro. Aproveitem! http://rspb.royalsocietypublishing.org/

“Proceedings B is the Royal Society’s flagship biological research journal, dedicated to the rapid publication and broad dissemination of high-quality research papers, reviews and comment and reply papers. The scope of the journal is diverse and is especially strong in organismal biology. Find out more about Proceedings B .”

Atualização: Springer life science também liberou o conteúdo até 30/11 http://www.springer.com/life+sciences?SGWID=0-10027-0-0-0

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Destaque no 20º Seminário de Iniciação Científica da UDESC

Nos dias 13 a 16 de Setembro ocorreu em Florianópolis o 20º Seminário de Iniciação Científica da Universidade do Estado de Santa Catarina (UDESC). Dentre os 36 trabalhos apresentados na sessão Solos/Engenharia Florestal, tivemos a satisfação de ter um de nossos trabalhos como destaque:

3º lugar: Sheila Trierveiler de Souza (Análise do componente arbóreo de fragmentos de floresta ombrófila mista em diferentes altitudes no planalto Catarinense: padrões fitogeográficos de fragmentos de floresta ombrófila mista. Orientador. Prof. Pedro Higuchi)

Parabéns para toda equipe!

Fonte: http://www.cav.udesc.br/main_2.php?conexao=273670caf6c19da2a20fae49522c058a&zona=1&ID=239

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R para a análise de dados ecológicos

Existem várias opções de programas/softwares para a análise de dados ecológicos. O uso de um ou de outro é uma questão pessoal. Para digitação e tabulação de dados utilizo planilha eletrônica e para análise estatística uso o R.
O R pode ser definido como uma linguagem de programação que permite a realização de análises estatísticas e elaboração de gráficos. Por ser um Software Livre, pode ser “usado, copiado, estudado e redistribuído sem restrições”, de forma que várias pessoas no mundo contribuem criando pacotes complementares, expandindo sua funcionalidade. Alguns complementos que tenho utilizado com mais frequência são:

• splancs: análise espacial de processos pontuais (para análise da distribuição espacial de árvores utilizando a função K de Ripley) 
• geoR: análise geoestatística 
• mvpart: árvore de regressão multivariada 
• vegan: análise multivariada (NMDS, CCA, DCA, etc), análise de agrupamento e de padrões de riqueza e diversidade. Considero esse complemento um verdadeiro “canivete-suiço” para a análise ecológica de comunidades.
• maptools: elaboração de mapas 

A execução das análises se dá por meio da utilização da linha de comando, o que explica a dificuldade inicial de aprendizado. Um material de referência que sempre indico é Bioestatística usando o R. 

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O que realmente é importante num poster de congresso?

Gosto de usar o Diagrama de Venn para ilustrar a quantidade de espécies arbóreas compartilhada entre diferentes áreas. Mas encontrei no blog Better Posters uma utilização criativa deste tipo de diagrama: demonstrar o que normalmente as pessoas colocam num poster de congresso e o que realmente o público se interessa em saber. Será que um Poster deve imitar a estrutura de um artigo científico? Eu também acho que não…Veja mais detalhe em Poster Venn

Fonte: Better Posters

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O nome popular das árvores

Você já parou para pensar sobre o nome das árvores? As espécies arbóreas apresentam um nome científico e um comum. Enquanto o primeiro é amplamente empregado no meio acadêmico e técnico, o último, de origem popular, é mais utilizado no cotidiano da população em geral. A nomenclatura popular reflete muitas vezes um conhecimento tradicional, passado de geração em geração, por isso não pode ser desprezada.  Além de ser essencial para comunicação fora do ambiente acadêmico, a sua análise também permite uma série de inferências sobre usos potenciais e exigências ecológicas, o que pode ser útil  na área de bioprospecção (link para arquivo pdf) e na definição de estratégias de manejo e conservação das espécies. No entanto, algumas ressalvas devem ser consideradas:

• uma mesma espécie pode apresentar vários nomes comuns em diferentes regiões: (e.g. Roupala montana: conhecida como Carvalho-brasileiro no Sul do Brasil e Carne-de-vaca em Minas);

• um mesmo nome comum  pode ser utilizado para várias espécies distintas (e.g. Sucará: nome dado a várias espécies com espinhos; Ipê-Amarelo: nome dado a várias espécies do gênero Handroanhus);

Roupala montana: Conhecida como Carne-de-vaca em Minas Gerais e Carvallho-brasileiro na região Sul do Brasil. Foto: João Medeiros de Deus

As origens dos nomes comuns são diversas, como por exemplo:

Foto: Paulo Moreno

Caa-tiu: nome de origem indigena, que significa “mato fedido”, empregado para a espécie Siparuna guianensis. As folhas quando maceradas exalam forte ordor desagradável, justificando o significado indigina do seu nome.

Foto: Mauricio Mercadante

 Pau-de-balsa: Nome que faz referência ao uso da madeira da Ochroma pyramidale, que é uma espécie de origem amazônica, amplamente utilizada na arborização urbana.

Foto:  mauraguanandi

Pau-Brasil: nome que faz referência a cor da madeira da espécie Poincianella echinata

Foto: Tatters:)

 Corticeira-do-banhado: Nome dado a Erythrina cristagalli e indica uma característica de sua casca (presença de cortiça) e também uma característica ecológica (ocorrência em áreas úmidas).

Foto: mauroguanandi

Cedro: Nome dado pelos colonizadores europeus para uma árvore na época desconhecida (Cedrela fissilis), que apresentava algumas semelhanças com a espécie européia Cedrus.

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